营业执照丢失后，注销公司的流程如下：

登报：首先去市级公开发行的报纸上刊登营业执照的遗失声明，并声明作废，提供刊登此声明的完整报纸原件1份。
准备相关文件：准备公司法定代表人签署的《企业营业执照补发申请书》原件1份，以及办理补办营业执照业务的经办人身份证复印件1份，同时要验原件。此外，还需要公司法定代表人签署的公司补办营业执照的决定文件原件1份。
提交材料并补办营业执照：将上述材料提交到工商局，等待大约5个工作日，就可以领取补办的营业执照。
注销税务登记证：在取得补办的营业执照后，需要注销税务登记证。
注销营业执照：完成税务注销后，可以继续办理营业执照的注销手续。
请注意，除了上述步骤外，公司在注销过程中可能还需要进行清算、登报公示、银行账户注销、备案章注销等步骤。如果企业有经营异常等问题，也需要在注销前进行处理。

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